La escalada de violencia en la que se encuentra Caravaggio culmina en 1606 tras la muerte de uno de sus adversarios y con la acusación directa que señala al pintor como máxime responsable, ante lo cual su única salida es el destierro.
Ese mismo año ya está en Nápoles bajo la protección de los Colonna. Su llegada fue triunfal y su arte respondió a la brutalidad de la ciudad con una oscuridad más negra y descuidada. Se inicia entonces una nueva etapa en la que la técnica se hace más rápida y casual. Las formas endurecidas a veces presentan cabezas con poco detalle y las transiciones entre luz y sombra son una pura abstracción. La sombra es la protagonista de ahora en adelante, y el foco de luz no siempre se centra en la figura principal. Estos rasgos se van acentuando poco a poco y sus modelos son cada vez más curtidos, morenos y fatalistas (Las siete obras de la misericordia, La flagelación de Cristo, La virgen del rosario).
En 1607 y de forma inexplicable abandona Nápoles para marcharse a Malta, donde combinará el retrato (Alof de Wignacourt) con el encargo religioso (San Jerónimo escribiendo, La degollación de San Juan Bautista).
Pero tras una pelea con un noble caballero se ve obligado a dejar Malta y huye poniendo rumbo a Sicilia, donde se establece llevando una vida llena, a la vez, de reconocimientos y amenazas. Esta etapa está marcada por el creciente laconismo y porque aísla las figuras en medio de una oscuridad creciente acentuando su fragilidad. Técnicamente desarrolla la pincelada descuidada (El entierro de Santa Lucía, La resurrección de Lázaro).
En 1609 vuelve a Nápoles y es entonces cuando se acentúa en su obra la sobriedad, la concentración y la dureza a partir de formas geométricas y reduciendo el color a gamas casi monocromas. Predominan las sombras y los temas que desarrolla son una reflexión sobre la muerte y la maldad en clave personal donde apenas queda sitio para la esperanza. Destacan entonces las siguientes obras: Martirio de San Andrés, Martirio de Santa Úrsula, Salomé con la cabeza del Bautista y, sobre todo, David con la cabeza de Goliath.
Caravaggio morirá en 1610 en Porto Ércole, probablemente de camino a Roma tras conseguir el perdón papal.
